Der er sket meget store fremskridt med kvaliteten af drikkevandet i Portugal siden landet i 2005 af EU blev tildelt en advarsel for ikke at overholde EU's drikkevands-direktiv fra 1998.

EU mener dog stadig at det ikke er godt nok og har sidst i november 2008 skriftligt truet med at hive Portugal for EU-retten, hvor Portugal risikerer en bøde for ikke at leve op til EU's drikkevandsstandarder

EU fastsætter ret strenge grænser for blandt andet, hvor mange skadelige bakterier drikkevand i EU-medlemslandene må indeholde. Portugal har 2 måneder til at svare på den skriftlige advarsel.

Drikkevand fra hanen i Portugal
I de større byer i Portugal og på de populære turistdestinationer er der ikke de store problemer med drikkevandet.

Siden 2004 har vandforsyningen i Portugal været underlagt selskabet Água de Portugal netop med det formål at sikre kvaliteten. Agua de Portugal ejer helt eller delvist alle vandværker i landet.

Vand i Portugal tilsættes mange steder specielt om sommeren klor for at forbedre kvaliteten. For turisterne betyder det at man nogen gange kan lugte på vandet at det indeholder klor. Efterhånden vender man sig til det, men har man som turist i Portugal en sart mave, kan det være en fordel at drikke flaskevand i sommerperioden. Sundhedsmæssigt er vandet tilsat klor dog ikke noget problem.

Det sker også at vand fra hanen i Portugal forekommer en anelse 'hvidt'. Det er ifølge Agua de Portugal heller ikke noget problem idet der er tale om luftbobler, som forsvinder når vandet har stået lidt.

Små vandværker i Portugal stadig ikke på EU niveau
Selv om det portugisiske miljøministerie med ansvar for området (Ministério do Ambiente do Ordenamento do Território e do Desenvolvimento Regional) siger at drikkevandet ikke udgør en fare for sundheden i Portugal, mener EU kommissær for miljø Stavros Dimas at Portugal fortsat i nogen områder af landet mangler at leve op til EU standarden.

EU støttes af miljøorganisationen Quercus i Portugal, som anslår at der i 2005 var omkring 200.000 mennesker i Portugal, hvis drikkevand ikke levede op til EU's standarder. Tallet er ifølge Quercus nu reduceret til omkring 63.000 indbyggere, hvis vand i hanen ikke overholder grænseværdierne. Det er i langt de fleste tilfælde små vandværker i Portugal, som stadig har problemer med kvaliteten. 

Spildevand et problem
I øjeblikket gennemføres der store investeringer i infrastruktur til vandforsyning og spildevandsbehandling i Portugal. Arbejderne, som benævnes PEAASAR I (2000-2006) and PEAASAR II (2007-2013), forventes afsluttet i år 2013.

Selv om vandforsyningen har oplevet kraftige kvalitetsforbedringer er behandlingen af spildevand i Portugal endnu langt fra nordeuropæisk niveau.